En el 2002, los profesores de biología William Buckingham y Alan Bonsell pasaron a formar parte del consejo de educación del distrito de Dover262, Pensilvania. Durante los siguientes dos años, ellos se opusieron a que a los estudiantes de noveno grado se les enseñara la teoría de Darwin como única forma de explicar el origen de la vida, sin darles la oportunidad de conocer otras teorías. Los debates continuaron por bastante tiempo, hasta que un trabajo de arte de un estudiante de bachillerato desató la furia del consejo. El alumno pintó un cuadro de cinco metros y medio de largo que mostraba la transición, en varias etapas, de un simio a un hombre. La obra terminó incinerada y la pequeña comunidad de Dover se dividió entre los que estuvieron de acuerdo con la quema y los que no.
En la sesión del 7 de junio del 2004, el consejo cuestionó enfáticamente el uso del libro guía Biology, de Kenneth Miller, en noveno grado. El cuestionamiento se fundaba en que el libro da como hecho probado la teoría de Darwin. En el consejo se propuso que el libro fuese reemplazado por De pandas y personas263, escrito por Percival Davis y Dean Kenyon. Este libro incluía la teoría del diseño inteligente como alternativa a la de Darwin.
El consejo continuó con sus reuniones regulares y debatió la propuesta presentada por los profesores Buckingham y Bonsell. Finalmente, en la reunión del 18 de octubre del 2004, y con una votación de 6 a 3, se decidió incluir el siguiente texto en el pénsum de noveno grado:
Las normas de la Academia de Pensilvania exigen que los estudiantes aprendan acerca de la teoría de la evolución de Darwin y que eventualmente se les pregunte sobre ella en los exámenes programados para aprobar el grado.
La teoría de Darwin es una teoría que sigue en prueba, debido a nuevos descubrimientos que difieren de su punto de vista. La teoría no es un hecho. Existen unos vacíos que la evidencia no ha podido llenar. Una teoría es definida como una explicación comprobada que unifica una amplia gama de observaciones.
El diseño inteligente es una explicación del origen de la vida que difiere de la propuesta por Darwin. El libro de referencia, De pandas y personas, está disponible para los estudiantes que quieran explorar esta teoría como un esfuerzo por comprender lo que el diseño inteligente implica.
Como es aplicable para cualquier teoría, se les pide a los estudiantes una mente abierta. El colegio deja la discusión sobre el origen de la vida al estudiante y a su respectiva familia. Como Distrito Escolar sujeto a las normas de la Academia, la clase se focaliza en preparar a los estudiante para que alcancen un nivel de conocimiento en los temas indicados por la academia escolar de Pensilvania.
Los tres miembros que votaron en contra renunciaron a modo de protesta y el resto de sus colegas se reusó a leer esta adenda del pénsum a los estudiantes —citaban el código 235.10(2) del estado de Pensilvania, que ordena que un educador no «[…] desvíe con intención y conocimiento de causa ninguno de los temas del pénsum escolar»—.
La junta escolar aceptó que efectivamente existían unos grandes vacíos en la teoría de la evolución de Darwin, y que por eso se trataba de una teoría y no de un «hecho». Estaba más cerca de ser una corazonada que una «hipótesis científica». Pero, igualmente, se oponían a darle un respaldo «científico» a una visión «religiosa» sobre el origen de la vida264. Los miembros que respaldaron la inclusión del texto argumentaron que lo único que se pretendía era informarle al estudiante que existía una explicación alternativa a la propuesta por Darwin sobre el origen de la vida.
La Unión de Libertades Civiles de América (ACLU, por sus siglas en inglés), en alianza con la organización Americanos Unidos por la Separación entre Estado e Iglesia (AU, por sus siglas en inglés), demandaron al Distrito Escolar de Dover el 14 de diciembre del 2004, en representación de once padres de familia, incluyendo a Tammy Kitzmiller265. El abogado Eric Rothschild, de la firma de abogados Pepper Hamilton LLP y miembro del Centro Nacional para la Educación Científica (NCSE, por sus siglas en inglés), se ofreció como representante del demandante, con el apoyo de todo el NCSE. El caso acaparó inmediatamente la atención del país, ya que lo que estaba en juego era el futuro educativo de las ciencias en los colegios de los Estados Unidos. Los principales diarios y revistas dedicaron numerosas portadas con titulares como Darwin vs. Dios, Evolución al banquillo, La guerra contra la evolución, etc.
La defensa corrió por cuenta del Centro de Leyes Thomas More (uno de los fundadores de este centro fue quien le presentó el libro De Pandas y Personas al profesor Buckingham). El apoyo académico de la defensa fue el Instituto Discovery266 (varios de sus miembros sirvieron como testigos en el juicio, que duró seis semanas). Los abogados del centro no buscaron demostrar que una teoría era mejor que la otra, sino que la formación académica de los estudiantes se vería beneficiada en la medida que fueran consientes de los fallos existentes en la teoría de Darwin y de que existían otras hipótesis que también explicaban el origen de las especies (desde otro punto de vista científico).
La idea básica del diseño inteligente (que emergió en la década de los ochenta con el controversial libro El juicio contra Darwin, de Phillip Johnson) es que una «causa» o «agente» inteligente ha guiado el proceso de la formación de especies, ya que los elementos de este proceso son tan complejos que no pueden ser explicados por las simples mutaciones aleatorias de las células en sus respectivos organismos. Dichos elementos complejos requieren la organización precisa de todas las partes al mismo tiempo para funcionar como organismo y no pueden emerger lentamente con el paso del tiempo, como lo sugiere la teoría de Darwin. A manera de ilustración: una trampa de ratón requiere que todos sus componentes sean organizados al mismo tiempo para poder cumplir con su propósito — cazar ratones—. Esos componentes no pueden ser el resultado de lentos y graduales cambios que comenzaron con un algo, que no era una trampa de ratón, que llegó a convertirse en el mecanismo actual que atrapa ratones. Un «agente» inteligente tuvo que pensar y disponer sus partes para que, una vez ensambladas, cumplieran con el propósito que tenía en mente al momento de idearla. Por eso se habla de un «diseño».
Cuando comenzó el juicio sin jurados, precedido por el juez John E. Jones III, el 26 de septiembre del 2005, la nación se encontraba muy atenta a lo que pudiera pasar en la corte federal del Estado de Pensilvania. La polémica incluso involucró al entonces presidente de los Estados Unidos, George W. Bush, quien ofreció su respaldo a la teoría del diseño inteligente y mostró su acuerdo con la idea de que ambas teorías se enseñaran en los colegios. Ya que no había jurados, sus sillas fueron ocupadas por periodistas, escritores, científicos y académicos de todo el mundo, incluido el tataranieto del mismo Darwin, el escritor Matthew Chapman.
Durante las tres primeras semanas, los demandantes presentaron como testigos a una gran cantidad de biólogos, científicos y autores que argumentaban cómo para ellos la teoría de la evolución de Darwin, si bien era una hipótesis, explicaba plenamente la formación de la vida en el planeta a lo largo de su historia y era corroborada por los descubrimientos científicos divulgados hasta el momento. Un testigo que acaparó buena parte del tiempo fue Kenneth Miller, autor del texto de biología usado por los estudiantes del colegio en Dover. Miller dedicó primero su testimonio a aclarar qué era y qué no era ciencia. Según él, el diseño inteligente no lo era, por cuanto que no era demostrable.
El testigo más importante de la defensa era el profesor de Bioquímica de la Universidad de Lehigh en Pensilvania, Michael Behe267. En sus libros, Behe habla de algunas partes de ciertos organismos tan complejas como el «flagelo»268 de la bacteria (que se asemeja increíblemente al mecanismo del motor fuera de borda de un bote). El flagelo es capaz de rotar en ambos sentidos a cien mil revoluciones por minuto y está compuesto por más de veintiséis partes que incluyen engranajes, piñones, diferencial, ejes, etc. Behe sostiene que un mecanismo como este no puede ser explicado como el resultado de la evolución gradual y sucesiva que propone Darwin, ya que, para que funcione como mecanismo de propulsión, todas sus partes tienen que ser operativas al mismo tiempo. Behe denominó a este hecho «complejidad irreductible». Una mano, por ejemplo, por más complejo que sea su funcionamiento, puede operar con tres, cuatro o cinco dedos. Es decir que es posible explicar el número actual de dedos como el resultado de una evolución gradual. Pero no se puede explicar de igual modo el sistema de coagulación de la sangre, que requiere que los diecisiete componentes que intervienen en ella estén presentes y sincronizados al mismo tiempo.
El 20 de diciembre del 2005, el juez John E. Jones III emitió su veredicto. En este afirmaba que el diseño inteligente no era ciencia, sino un seudónimo de la versión bíblica de la Creación y que el tema había querido ser introducido en el programa académico por el Distrito Escolar de Dover por razones religiosas. Por esas razones, consideraba inconstitucional la enseñanza de dicha teoría en las clases de ciencias en los colegios públicos del distrito. En su fallo de ciento treinta y nueve páginas, reconoce que la teoría de la evolución de Darwin no es perfecta y que es incapaz de explicar una gran cantidad de hechos científicos. Pero afirma que esa no es una razón para proporcionar a los estudiantes información sobre otras teorías que tampoco han sido probadas. Dicho fallo significó para el juez Jones III la entrada a la lista de las cien personas más influyentes en los Estados Unidos de la revista Time del 2005.